应以共同作出行政行为的行政机关为共同被告。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第四款的规定，两个以上行政机关作出同一行政行为的，共同作出行政行为的行政机关是共同被告。在起诉时，原告应当将所有这些行政机关列为被告。如果原告只起诉了其中一部分，人民法院应当告知原告追加其他机关为被告；原告不同意追加的，人民法院应当将其他机关列为共同被告。这有利于查清事实，明确责任，一次性解决纠纷。实践中，共同行政行为通常在法律文书上加盖所有参与机关的公章。当事人起诉前应仔细核对决定书上的落款和印章。