公司的做法不合法。根据《劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或终止劳动合同时出具解除或终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。同时，工资应当在离职时结清。工作交接是劳动者的附随义务，但并非公司支付工资和出具离职证明的前提条件。如果因劳动者未办理交接造成公司损失，公司可以另行主张赔偿，但不能以此为由扣押工资和证明。应对措施：1. 书面催告：要求公司在限期内支付工资并开具离职证明。2. 行政投诉：向劳动监察大队投诉，劳动监察部门会责令公司改正。3. 劳动仲裁：申请仲裁要求支付被扣押的工资，并要求公司出具离职证明。如果因公司未及时出具证明导致您无法入职新单位造成损失，您还可以主张赔偿。