可以，但需要满足严格条件。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第五十六条，诉讼期间，不停止行政行为的执行。但有下列情形之一的，裁定停止执行：（一）被告认为需要停止执行的；（二）原告或者利害关系人申请停止执行，人民法院认为该行政行为的执行会造成难以弥补的损失，并且停止执行不损害国家利益、社会公共利益的；（三）人民法院认为该行政行为的执行会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的；（四）法律、法规规定停止执行的。因此，企业（原告）可以向受理行政诉讼的人民法院申请停止执行“责令停产整治”决定。关键在于向法院证明：1. 该决定的执行将对企业造成难以弥补的巨大经济损失（如导致核心客户流失、生产线报废等）；2. 停止执行不会损害环境公共利益（例如，企业已采取有效临时措施防止污染）。法院将进行审查并作出裁定。是否停止执行，决定权在法院。