行政机关作出责令停产停业的行政处罚，属于较重的处罚种类，必须严格遵守法定程序。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，主要程序包括：1. **调查取证**：全面、客观、公正地调查，收集有关证据。2. **告知权利**：在作出处罚决定前，必须告知当事人拟作出的处罚内容、事实、理由、依据，以及当事人依法享有的陈述、申辩、要求听证等权利。3. **组织听证**：因责令停产停业属于法定应当告知听证权利的处罚，若当事人要求听证，行政机关必须依法组织听证。4. **作出决定**：调查终结并经负责人审查或集体讨论后，作出正式的行政处罚决定书。5. **送达**：将行政处罚决定书依法送达当事人。6. **执行与监督**。程序违法可能导致处罚决定被撤销或确认违法。