应当提起行政诉讼。行政协议（又称行政合同）纠纷属于行政诉讼的受案范围。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条第一款第十一项规定，人民法院受理公民、法人或者其他组织认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议提起的诉讼。最高人民法院关于适用《行政诉讼法》的解释也明确了行政协议的定义和审理规则。因此，如果行政机关不履行行政协议，您应当以该行政机关为被告，向人民法院提起行政诉讼，请求法院判令其履行协议。这与平等主体间的民事合同纠纷适用民事诉讼不同。在诉讼中，法院不仅审查协议本身的约定，还会审查行政机关订立、履行、变更、解除协议的行为是否合法，是否出于公共利益需要等。