企业可以以“违反法定程序”和“证据不合法”为核心进行抗辩。行政处罚必须事实清楚、证据确凿、程序合法。依据《环境行政处罚办法》和《行政处罚法》的规定，环境监测机构进行采样，必须遵守国家环境监测技术规范和方法，如采样点位、频次、方法、保存运输等均有严格规定。如果生态环境局的采样程序存在不规范之处（如未出示证件、未两人以上执法、采样容器不合规、未当场封存、未按规定运输保存导致样品失真等），该检测报告作为关键证据的合法性将受到质疑。企业应在收到《行政处罚事先告知书》时，立即书面提出申辩，要求对检测程序的合法性进行审查，并可以申请重新鉴定或要求执法人员出庭说明情况。在后续的行政复议或行政诉讼中，可以依据《行政诉讼法》第四十三条，要求法院对该证据的合法性进行审查。程序违法是导致行政处罚决定被撤销的重要理由。