不能。有效的仲裁条款排除了法院的司法管辖权。根据《中华人民共和国仲裁法》第五条，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。您与合作方签订的仲裁条款“争议提交北京仲裁委员会仲裁”内容明确、具体，选定了唯一的仲裁机构，且该机构真实存在，该仲裁协议是有效的。因此，当发生合同纠纷时，您只能依据该仲裁协议向北京仲裁委员会申请仲裁，而不能向深圳或任何其他地方法院提起诉讼。如果对方在深圳法院起诉您，您应在首次开庭前向法院提交仲裁协议，提出管辖权异议，法院将裁定驳回起诉。实务建议：1. 确认仲裁成本：评估前往北京仲裁的经济成本和时间成本。2. 审查仲裁协议：虽然此条款有效，但未来签订合同时，建议约定与合同履行地、当事人所在地关联更紧密的仲裁机构，以节省争议解决成本。3. 启动仲裁程序：准备仲裁申请书、证据材料，按照北京仲裁委员会的规则正式提起仲裁。