一般情况下，著作权归公司。根据《著作权法》第十八条，员工为完成法人或非法人组织工作任务所创作的作品是职务作品，除特殊情形外，著作权由作者享有，但法人有权在其业务范围内优先使用。而《计算机软件保护条例》第十三条规定，针对计算机软件，若是在本职工作中开发，或主要利用单位物质技术条件开发并由单位承担责任的软件，其著作权属于单位。为彻底明确归属，避免争议，公司必须：1. 在《劳动合同》中明确约定职务作品（包括软件）的著作权归公司所有。2. 与参与开发的每一位员工签署《知识产权归属协议》。3. 妥善保管开发过程文档、源代码和协议。完成开发后，应及时向国家版权保护中心进行软件著作权登记，以作为权利公示。