发包方不能当然拒付全部尾款。根据《民法典》第七百九十九条和第八百零一条，建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。发包人对工程质量有异议的，应：1. 证明质量瑕疵确实存在且属于承包方责任（如委托鉴定）；2. 区分瑕疵严重程度。若为一般瑕疵，发包方可要求承包方修理、修复或减少价款，但无权拒付全部尾款（《民法典》第五百八十二条）。若为地基或主体结构等严重质量问题，影响安全，可拒付并主张权利。承包方应收集竣工验收报告（如有）、已完工证据、催款函等。可先发函要求支付，并声明愿意对合理瑕疵进行保修。协商不成，可提起诉讼或申请仲裁，并可就工程款主张优先受偿权。